BEAST2
2020/2/14

BEAST2 は系統樹推定、分岐年代推定、繊維年代推定、を行うソフトウェアです。 BEAST を作り変えてバージョンアップさせています。


リンク

チュートリアル

Extended Bayesian Skyline Plots が参考になります。ダウンロードすると、 scripts ディレクトリに、plotEBSP.R が入っています。 PopulationFunctions について、以下の記述があります。

"We use 0.5 for mtDNA because only the female mtDNA contributes to the e ective population size.)"

Exapnaded Bayesian Skyline Prot による集団の遷移年代推定

Skyline prot 解析について、準備段階から丁寧な説明があります。こちらの説明にそうような例題を作ってみました。

substitution rate vs. clock rate an & divergence dating

linux_cookbook

Linuz バージョンのインストール。

Fujita et al. (2017)

ニシンの集団構造と個体群動態史を BEAST2 によって推定。

Younger et al. (2015)

ペンギンの個体群動態史を推定