Claident

2020 年 11 月 15 日 改訂

Claident は、環境 DNA データを解析するソフトウェアです。NGS データのアセンブルから、種判別までを行います。

チュートリアル

まずは、ClaidentTutorial に沿って、解析すると良いです。[↓ Code]ボタンをクリックしてダウンロードします。

このチュートリアルでは、「典型的な方法で調製したライブラリをIllumina社製シーケンサで解読した塩基配列データを仮定して、Claidentを用いて群集組成データと分子同定データにするまで、およびRを用いて生態学的な分析を行うまで」が紹介されています。

Claident の出力ファイルは、その後 R を用いた様々な解析に対応しています。R 解析のコードも公開されています。R の解析で必要なパッケージは、以下のコマンドでインストール可能です。

library(parallel)
install.packages(c("vegan", "colorspace", "RColorBrewer", "tidyverse", "ggsci", "khroma", "picante", "bipartite", "geosphere", "foreach", "doParallel", "mpmcorrelogram"), repos="http://cloud.r-project.org/", dependencies=T, clean=T, Ncpus=detectCores())