Diamond は、高速な BLAST 検索ツールです。データベースは、アミノ酸配列だけを対象としており、DNA 配列は解析できません (2024 年 3 月)。

こちらを参考にしました。Mac に brew でインストールしました。

brew install diamond

diamond_vs_blastp.tar.gz

データベースの作成

./diamond makedb --in db_prot.fa -d db_prot

blastp 検索

./diamond blastp -q query_prot.txt --mid-sensitive -d db_prot -o out_diamond.tsv

--mid-sensitive
このオプションをつけると、BLAST+ と同じ hits 数が得られました。しかし、スピードが BLAST+ より遅くなるようです。BLAST+ は 0.28 秒であるのに対し、DIAMOND --mid-sensitive は 2 秒ぐらいでした。このオプションなしだと、BLAST+ と同程度でした (0.38 秒)。

(2021 年 2 月 20 日)

mac でインフォマティクス