TreeBASE

2011 年 1 月 31 日 改訂
井上 潤

TreeBASE は系統解析の論文で用いられたアライメントデータ等を保存しているデータベースです.

アライメントデータを得る

Hugall et al. (2007) で用いられたデータで説明します.論文を見ると,S1781 という TreeBASE accession があります.

TreeBASE の HP から Search TreeBASE を押して search page に行きます.Study tab になっていることを確認して,S1781 を入力し,Legacy Study ID ボタンを押します.S1808 を押すと,アライメント等が配置されているページにたどり着きます.

Hugall, AF, R Foster, MSY Lee. 2007. Calibration choice, rate smoothing, and the pattern of tetrapod diversification according to the long nuclear gene RAG-1. Systematic Biology 56:543-563.