TreeStat

2009 年 11 月 14 日 改訂
井上 潤

TreeStat は newick format の系統樹に対して,様々な統計的な解析を行うソフトウェアです.インファイルとなる系統樹は,phylip や nexus 形式です.Mac と Win 対応です.Java version もありますが,コマンドラインで操作する version は配布されていないようです.

気付いた点
  • Mac version も Java version であっても,v1.2 は私の Mac (OS 10.5.8) では,うまくインファイルを開くことができませんでした.v1.1 は動きました.下の例題を参照してください [2009 年 11 月].

Lineage ごとの樹長
TreeStat (Mac version) をダブルクリックします.

Root-TIp Lengths を選び中央の赤い右矢印を押して,Static Name にリストアップします.

右下にある「Process Tree File...」をクリックして,樹長付きの newick 形式 tree file を選びます.例題では,RAxML.tre です.RAxML の最尤樹をそのまま使うことができます.

ログファイル名 (実際にはアウトファイル) を聞かれるので,答えます.例題では「Out_RAxML」としました.

OUt_RAxML をエクセルなどで開くと,それぞれの種ごとに根幹から末端までの樹長が記載されています.なお,この lineage ごとの樹長は,一般に height と呼ばれているようです.branch length などで web 検索しても,うまくヒットしないので注意してください.

例題