Treefinder

2009 年 12 月 17 日 改訂
井上 潤
Teefinder は最尤法による解析を高速に行うソフトウェアです.系統樹探索にも様々な機能が装備されています.

ダウンロード
  • Intel Mac の場合は,ダウンロードのページから tf-october2008-mac.zip をダウンロードします.解凍すると Treefinder というフォルダが作成されます.tf-october2008-mac-intel-binary.zip をダウンロードして,作成された tf.bin を Treefinder 内部のものと交換します.

  • あとはこちらに従ってインストールを行いました.

Consensus tree
コマンドラインから conseunsus tree を得る方法です.

consense.tl に以下の内容を書いて保存します

boottreelist:=LoadTreeList[
"inputtrees.nwk"
],
SaveTree[
BuildConsensusTree[
boottreelist,
WithEdgeLengthIntervals->False,
WithEdgeLengths->False,
WithEdgeSupport->True,
ConsensusLevel->80
],
"outputtree.nwk",
Format->"NEWICK"
]

inputtrees.nwk には対象とする Newick 形式の trees を入れておきます.例えば 100 回反復のブートストラップを行った場合は,100 本の tree を入れておきます.あとは

tf consense.tl

とコマンドを実行するだけです.
ここでは 80% 以上で保存された枝だけを残して,それ以下の分岐は多分岐にするよう指定しています.50% 未満をしきい値にすることはできません.50% 未満の枝も残したい場合は,同様の操作を Phylip の Consense でもできるそうです.しかし,Consense では 21 文字以上の OTU 名は削られてしまうため,Treefinder の方が使いやすいそうです.

例題です.

以上はこちらのサイトを作成している方に,教えていただきました.とても助かりました.ありがとうございます.