USEARCH

2020 年 7 月 19 日 改訂

USEARCH (Edgar 2010) は、種判別を行うソフトウェアです。.


データベースの作成と BLAST 検索

usearch_ji.tar.gz

(2020 年 4 月)


USEARCH を用いた論文

Komai, T., Gotoh, R. O., Sado, T., & Miya, M. (2019).
Development of a new set of PCR primers for eDNA metabarcoding decapod crustaceans. Metabarcoding and Metagenomics, 3, e33835.

R.C. Edgar (2018)
Taxonomy annotation and guide tree errors in 16S rRNA databases, PeerJ 6:e5030


リンク

USEARCH - FC2

Rusearch

Windows 上の R (Rstudio) から Usearch を動かすスクリプト。