MEGA

 
2018 年 1 月 24 日 改訂
井上 潤
MEGA は,配列のエディット,アライメント,系統関係や時間軸付き系統樹の推定,などを行うソフトウェアです.

ここでは,Mac のコマンドライン (CC) バージョンを説明します.スライドによる説明も参考にしてください.Documentation はこちらです.
BS 値付き NJ tree を推定する

megaNjBoot.tar.gz

megacc -a 010infer_NJ_protein.mao -d 010aaseq.fas -o 020_out

010infer_NJ_protein.mao

解析の設定が書かれています.megaproto で作成します.実際には,エディタでブートストラップ (BS) 計算の回数などを書き換えます.megaproto はmegacc をインストールすると自動的にインストールされます.

010aaseq.fas

ファスタ形式のアミノ酸配列.拡張子は fas でないと,動きません.

020_out

アウトファイルの名前

020_out.nwk

アウトファイル.Newick format です.

まだ充分に確かめたわけではありませんが,NJ 解析ではアウトグループを設定できないようです.おそらく,解析を行った後で,rooting を改めてやることになると思います.また,アミノ酸解析の経験的モデルは, JTT しか対応していません.


年代推定
RetTime 法によって,簡単に年代推定ができます.こちら「RelTIme による分岐時間推定」を参照しました.


系統樹の描画

こちらのビデオが参考になります.

 

参考文献

Mello B, Tao Q, Tamura K, & Kumar S (2017)
Fast and Accurate Estimates of Divergence Times from Big Data. Mol. Biol. Evol. 34(1):45-50.

ベイズ法によらない分岐年代推定 RelTime は,解析速度が速いが,MCMCTREE や BEAST と同じ結果が得られることを示す.ミトコンドリアゲノムは核ゲノムデータなど 8 つの大規模データを使用.