NCBI のサイトで Search のメニューを Nucleotide にして，以下のコマンドを打ちます．Squalus (サメ・エイ類) のうち，アノテーションされているかどうかに関わらず 6000 bp 以上の DNA 断片をすべてリストアップします．
Squalus[Organism]600000:100000000[SLEN]
2010 年 7 月末の時点ではこちらだけがヒットしました．これを fasta 形式でダウンロードしました．
web interface にダウンロードした fasta ファイルをアップロードします．Organism から参照となるモデル生物のゲノム特徴を選びました (Homo sapiens にしました)．あとはデフォルトです．run Augustus を押すと，2 分位で結果が得られました．
Upload cDNA に EST 配列などを入れておくと，これを参照して gene prediction を行ってくれるそうです．まだ使ったことがありません．
