BEAST2 は系統樹推定、分岐年代推定、繊維年代推定、を行うソフトウェアです。 BEAST を作り変えてバージョンアップさせています。

チュートリアル

Extended Bayesian Skyline Plots が参考になります。ダウンロードすると、 scripts ディレクトリに、plotEBSP.R が入っています。 PopulationFunctions について、以下の記述があります。

"We use 0.5 for mtDNA because only the female mtDNA contributes to the eective population size.)"

Exapnaded Bayesian Skyline Prot による集団の遷移年代推定

Skyline prot 解析について、準備段階から丁寧な説明があります。こちらの説明にそうような例題を作ってみました。

substitution rate vs. clock rate an & divergence dating

linux_cookbook

Linuz バージョンのインストール。

Fujita et al. (2017)

ニシンの集団構造と個体群動態史を BEAST2 によって推定。

Younger et al. (2015)

ペンギンの個体群動態史を推定