BioMart は「Biomartは、the Ontario Institute for Cancer Research (OiCR) と the European Bioinformatics Institute (EBI) が共同で開発しているクエリ指向型データ管理システムです」 (統合TV より).Ensembl にも BioMart というデータ検索システムがありますが,こちらの BioMart を移植したものなのだと思います.
ヒト遺伝子の Ensembl ID や正式名称を得る
以下の情報は,佐藤行人さんから教えていただきました.
ここでは,Ensembl ID と遺伝子の正式名称を対応させた表を得ます.Gene ID (ENSG) に対応した情報を得ることができるのかも知れませんが,私は全遺伝子についての情報をダウンロードし,以下に示した Perl スクリプトで新たな表を作成しています (ENSP 番号には対応していません).
SYMBOL DATA
Approved Name,
Previous Names,
Name Aliases,
Previous Sympols,
Gene Family Names,
ID DATA
VEGA IDs,
RefSeqIDs,
Accession Numbers
MAPPED DATA
Entrez Gene ID,
Ensembl ID
をチェックします.その後,Results を押して次に進みます.
5.
情報が画面上に出ます.Dawnload data で,情報をテキストファイルとして得ることができます.