EDirect

2025 年 3 月 13 日 改訂

Entrez Direct (EDirect)

インストール

以下を Ubuntu 24.04 (azurと言うサーバー) で実行しました。しばらくすると、インストール完了したから、自動的に PATH を ~/.bashrc に保存するか、と聞かれたので、そのまま y を選択しました。

(base) jinoue@azur:~/EDirect$ sh -c "$(curl -fsSL https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/entrezdirect/install-edirect.sh)"

Entrez Direct has been successfully downloaded and installed.
In order to complete the configuration process, please execute the following:
echo "export PATH=/home/jinoue/edirect:\${PATH}" >> ${HOME}/.bashrc
or manually edit the PATH variable assignment in your .bashrc file.
Would you like to do that automatically now? [y/N]

.bashrc の最終行に PATH が記述されていました。

(base) jinoue@azur:~/EDirect$ cat ~/.bashrc
....
export PATH=/home/jinoue/edirect:${PATH}

インストール後、以下のような edirect ディレクトリが作成され、コマンドがたくさん入っていました。

(base) jinoue@azur:~/edirect$ ls
accn-at-a-time
....
efetch
....
esearch
esummary
....
xtract
....

学名から common name を得る

commonName_EDirect.tar.gz

rfishbase よりもスピードが速いですが、common name が見つからないことが多いです。24 種からなる common_names.xlsx ファイルの解析は 30 秒程度で終わりましが、Sardinops melanostictus を含む8 種の common name が見つかりませんでした。同じファイルを rfishbase で解析すると、7 分程度かかりましたが、common name が見つからないのは 4 種だけで、S. melanostictus も、 South American pilchard ではありますが、見つかりました。

2025 年 3 月