系統樹推定

ExampleJI_iqtree-3.0.1-macOS-arm.zip

DNA およびアミノ酸双方で、以下のコマンドで系統樹推定できます。

iqtree2 -s INFILE.fa -m TEST -nt AUTO -bb 1000

アミノ酸配列の解析。この書き方であれば、塩基配列も解析できます。

.contreeML tree にブートストラップ値をのせた newick tree が保存されています。

-bb: ultra fast bootstrap。-b は普通の BS で、かなり時間がかかる。
-m: モデル選択。TEST は、可能性のあるモデルをテストした上で、当てはまりが良いモデルで出力される。
-nt AUTO: これもあったほうが良い、らしい。

アウトファイル

ファイル	内容
.log	解析ログ
.ckp.gz	中断再開用チェックポイント
.iqtree	解析の主要結果まとめ
.treefile	ML tree (Newick)
.contree	BS consensus tree
.splits.nex	Network 表示用スプリット情報
.bionj	初期 NJ/BioNJ tree
.mldist	ML 距離行列
.model.gz	モデル選択情報

1. infile.txt.log

ログファイル（実行記録）
IQ-TREE の実行内容をすべて記録したテキスト
実行コマンド
モデル選択の詳細
最尤法 (ML) の進行状況
BIC/AIC によるモデル比較表
計算時間

=>解析の再現性に必須

2. infile.txt.ckp.gz

チェックポイントファイル（gzip 圧縮）
長時間の解析が途中で中断した時に 再開（restart） するためのデータ
ツリー探索の途中状態が保存される
=>長時間の大規模 ML 解析で役立つ

3. infile.txt.iqtree

メイン結果ファイル（最重要）
最尤ツリーの詳細情報（ただしツリー本体は含まない）
最尤値（log-likelihood）
選択されたモデルとそのパラメータ
ブートストラップ統計の結果
各種テスト（SH-aLRT, UFboot など）の結果
サイトごとのログ尤度など
=>IQ-TREE の総合結果を読むならまずこのファイル

4. infile.txt.treefile

最尤系統樹の Newick ツリーファイル
最尤 (ML) ツリー（branch lengths 付き）
ブートストラップ支持値などが付与されることもある

5. infile.txt.contree

コンセンサスツリーファイル
ブートストラップ (UFboot または BS) の結果から作られた コンセンサスツリー
各分岐点に支持値（0–100）を保持
通常は「treefile」よりも支持値に重点がある
=>論文等で報告する場合、このツリーを使うことが多い

6. infile.txt.splits.nex

スプリット（分割）情報ファイル（NEXUS形式）
分割ネットワーク表示に使われる
SplitsTree などのソフトウェアで読み込み可能
系統樹に曖昧さや conflicting signal がある場合に有用
=>「木」より「ネットワーク」を見たいときに使う

7. infile.txt.bionj

BioNJ で計算された初期ツリー
IQ-TREE の ML 探索の初期ツリーとして利用された
NJ法（Neighbor-Joining）の改良版「BioNJ」
=>解析のスタート点の記録

8. infile.txt.mldist

ML 距離行列
モデルに基づいて推定された配列間距離の行列
NJ 法や距離ベースの解析にも利用可能
=>欧州系ソフトでも使える汎用距離データ

9. infile.txt.model.gz

選択された模型（モデル）に関する詳細設定
ModelFinder の結果
どの置換モデル（例：LG+F+I+G4）が選ばれたか
モデルパラメータの推定値
=>再現解析や検証に必要

 

DeepWiki: Quick Start Guide

アウトファイルの説明など

Manual

・-o TAXON_NAME でアウトグループ（rooting に用いる OTU）を指定可能。
・ 指定したアウトグループによって、生成される .treefile が根付き（rooted）に書き出される。
・指定しない場合、アライメントの最初の taxon が自動的に root とみなされる。
“-o Specify an outgroup taxon name to root the tree. The output tree in .treefile will be rooted accordingly. DEFAULT: first taxon in alignment”