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LASTZ はゲノムアライメントを行うソフトウェアです.2 つの配列だけを比較する pairwise alignment を行います.2016 年 1 月の時点 (Ver. 1.03.73) では,頻繁にバージョンアップがなされています.正式リリースは Ver. 1.02.00 のようですが,改定を重ねているので最新版を使ったほうが良いと思います. 以前使われていた BLASTZ というソフトウェアをバージョンアップさせたプログラムのようです.マニュアルはこちらです.UCSC や Ensembl でもゲノムアライメントに LASTZ を使っているようです. Mailling list (Lastz-users Archives) はこちらです (メンバーになる必要があります).LASTZ の作者は Bob Harris さんです.Google 検索などでヒットする LASTZ の質問コーナーで,答えを書いていることがあります. |
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以下の手順でインストールを行います.
lastz と lastz_d という二つのプログラムが作成されますが,両者はほぼ同じプログラムです.
マニュアルに従ってMakefile の 31 行目にある -Werror を取り除いたら,うまくインストールできました.-Werror が警告を発しているので,-Werror を取り除けば一応は動くみたいです.
こちらも参考にしました. |
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LASTZ で得られたペアワイズアライメントを,TBA というソフトウェアのパッケージで解析するようです.LASTZ の質問コーナ (May 2011) に,Whole genome alignment howto に書いてある多重アライメンント作成は UCSC が行っている方法とほぼ同じと書いてありました. こちらも参照してください. |
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twoBit file は,ゲノムデータを軽くして保存する形式です.UCSC が開発したようです.こちら (Source & Utilities Downloads > Utilities - ...utilities directory: > ) から自分の PC にあったプログラムをダウンロードして用いて下さい.コンパイル済みのプログラムが配布されています.以下の例は,macOSX.i366 から faToTwoBit をダウンロードして使っています. | ||||
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