LINTRE は，相対速度テストを行うプログラムです．NJ tree を推定して枝長を比較します．two cluster test と branch length test を行うことができます．

Two cluster test は，多数の配列間ので行う相対速度テストです．ある分岐から派生した 2 系統間の進化速度 (各クレード内部の樹長を平均して代表値として用いています) を比較します．2 つの娘クレードを比較するのですが，実際にはクレードだけでなく Leaf 間の比較も行ってくれます．

Branch length test はそれぞれの Leaf 間で行う相対速度テストです．すべての OTU について根幹から末端までの枝長を求め，この平均値から有意に異なる OTU を選びます．

Readme に割と詳細な説明と例題があります．すべてターミナルにコピー & ペーストするだけで例題が解けるはずです．Two cluster test も Branch length test も njboot というプログラムで NJ tree を 推定して解析に用います．read.me にもあるように，MP や ML など他のプログラムで推定された系統樹を用いることもできますが，tree file の形式が newick ではないので独自に書き換える必要があります．

Intel Mac では posttree というプログラムがコンパイルされませんでしたが，動作に問題はありませんでした [2012 年 3 月]．

Takezaki N, Rzhetsky A, Nei M: Phylogenetic test of the molecular clock and linearized trees. Mol Biol Evol 1995, 12:823– 833. PDF.

ペンシルバニア州立大学のサイトからもダウンロードできますが，コンパイルなどがうまく動きませんでした．香川大学のサイトにある LINTRE の方が最新版で，改善されています [2012 年 3 月]．

Mac OS X のターミナルを用いて LINTREE Unix バージョンを使う場合は，以下の点に注意して下さい．なお，DOS version はデータの量により、うまく動かない場合があるようです．

1) developmenter's kit をインストールする．

インストールの方法は，multidistribute の使い方を参照して下さい．

2) コンパイルする前に，ソースコード内部にある #include <malloc.h> という行を削除する．[最近は malloc.h 行はすでにコメントアウトされているようなので，この作業は不要です．2012 年 3 月]

この操作を行わないでコンパイルを行うと，以下のようなエラーメッセージが出ます．

作者に問い合わせて解決方法を伺いました．まず，

にある

#include <malloc.h>

という行をそれぞれ削除します．これらの行を削除してから，

source compile.gcc.sh

を実行して下さい．以下のようなメッセージがたくさん出ますが，うまく作動します．ただし Intel Mac では，G4 と同じようなメッセージが得られましたが，postree のコンパイルが行われませんでした．