MetaZooGene

MetaZooGene Atlas & Database

2023 年 10 月 23 日　改訂

MetaZooGene Atlasn and Database (MZGdb) は、動物プランクトンを中心とした海洋生物の DNA バーコーディング・データベースです。海洋生物、特にプランクトンで、種判別をしたい分類群や海域がわかっている場合に、NCBI の全データを使うよりもずっと有効です ( トップページ)。

以下のような特徴があります：
・形態から種名を判明した配列が、データベースに登録されている。
・ミトコンドリアでは、CO1 (11356 種、218299 配列) の他、16S, 12S のデータがある。登録数だと CO1 が多い。
・種や分類群ごとに、登録地域・分布が可視化されている。NCBI にはあまり記録がない。

MetaZooGene は、動物プランクトンの国際的な遺伝子データベース構築と解析手法の標準化を目指すSCOR国際ワーキンググループです。

データベース利用例

North Pacific で作成された Calanoida (カラヌス目、カイアシ類の 1 グループ) を例にします。

MetaZooGene から North Pacific を選びます。

以下のページ、下の方にある Calanoida をクリックする。

Calanoida of the North Pacific のページが表示されるので、MZGdb Data Access --> Click Here <-- をクリックすると、配列をダウンロードするページが表示される。

Mode-A は全世界。Mode-B 北太平洋。ここでは FAST file, Mode-B、CO1 を選びます。

1600 配列ぐらいありました (2022 年 9 月)。それぞれ、形態分類から判定した種名が書かれています。100 種類？もっと小さくしたければ、場所や生物群を絞ると良いです。アップデートが頻繁にされているので、配列によっては MIDORI などでデータベースのバージョンが古いと出てこないかも知れません。

このページは、JH さんから教えていただいた情報を書いています。ご協力ありがとうございます。