MOLPHY (モルファイ) は最尤法を用いて系統樹探索を行うプログラムです．塩基配列とアミノ酸配列の解析が可能です．Unix ver. が主流ですが，Windows ver. もあるようです．以下のサイトからダウンロード可能ですが，環境によってはうまくダウンロードできないようです (大学からアクセスしてうまくダウンロードできたことがありません)．
http://www.ism.ac.jp/ismlib/softother.html