OMA standalone は、OMAデータベースのオルソログ推定アルゴリズムを、自分の好きなゲノム(独自ゲノム含む)に対してローカル/HPCで実行できるスタンドアロン版パイプラインです。

具体的には:

• 全ゲノム対のall-against-all比較からペアワイズオルソログを計算
• そこからOMA Groups(オルソログのクリーク型グループ)とHOGs(階層的オルソロググループ)の2種類のグルーピングを構築
• OMA Browserにエクスポートされた既存ゲノムのGOアノテーションを使って新規ゲノムの機能予測も可能
• 系統プロファイル(phyletic profile)も出力
• おまけとしてESPRIT(分断遺伝子検出ツール)も同梱

要するに「OMA browserの中身(オルソロジー推定エンジン)を、自分の任意のゲノムセットに対して手元で回せるようにしたツール」という位置づけです。ORTHOSCOPEとは異なり、こちらはグラフベース(OMA Groupsは最大クリーク)寄りのアプローチで、HOGはbottom-up/top-downの選択制、種樹のルーティングを自分で(OutgroupSpeciesで)指定する必要がある点が特徴的です。

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