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Ocean Atlas はウェブツールである Ocean Barcode Atlas (OBA) と Ocean Gene Atlas (OGA) がまとめられたトップページです。"One Click Marine Biogeography"とあるので、生物地理の解析を目指しています。 両者の違いは不明瞭です。基本的にはクエリが違い、OBA が taxon 名、OGA が配列、ですが、OBA には "Sequence based query"という解析もあり、混乱します。 地球全体に及ぶサンプリング地点を一度に比較するようで、特定の地域を選んで比較するオプションはないと思います。 データベースは SILVA と PR2 データ (Tara Ocean と Malaspina 探検の 18S, 16S rRNA 配列データなど) から構成されています。
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Ocean Barcode Atlas は、Community ecological analysis と Sequence based query から構成されています。 Community ecological analysis 実際 Description, > II) Submission interfaces, に
と、。 Sequence based query
とありますが、Ocean Gene Atlas と違いが不明瞭です。おそらく、Ocean Gene Atlas がクエリ配列に類似した配列全てを解析するのに対し、Sequence based query は、ある分類群に注目した解析だと思います。
マニュアル 引用文献
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Ocean Gene Atlas は、Tara Oceans のデータを中心とした海洋プランクトン生物遺伝子の生物地理を探索するWebサービスです。タンパク質か塩基配列をクエリとしてアップロードして、遺伝子配列カタログから対応する配列を検索できます。一回クリックするだけで、ターゲット配列の量と場所 (全世界)、生物分類が表示さます。Mac でインフォマティクスに使い方が紹介されています。 マニュアルhttps://tara-oceans.mio.osupytheas.fr/ocean-gene-atlas/build/pdf/Ocean-Gene-Atlas_User_Manual.pdf 引用文献 https://tara-oceans.mio.osupytheas.fr/ocean-gene-atlas/build/pdf/Ocean-Gene-Atlas_User_Manual.pdf Vernette C, Lecubin J, Sanchez P, Tara Oceans C, Sunagawa S, Delmont TO, Acinas SG, Pelletier E, Hingamp P, Lescot M. 2022. The Ocean Gene Atlas v2.0: online exploration of the biogeography and phylogeny of plankton genes. Nucleic Acids Research 50:W516-W526. Villar,E., Vannier,T., Vernette,C., Lescot,M., Cuenca,M., Alexandre,A., Bachelerie,P., Rosnet,T., Pelletier,E., Sunagawa,S. et al. (2018) The ocean gene atlas: exploring the biogeography of plankton genes online. Nucleic Acids Res., 46, W289–W295. |
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