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PAUP (パウプ) は最も広く用いられている系統解析ソフトウェアです．ベイズ法とアミノ酸配列を用いた最尤法をのぞけば，ほぼすべての解析が可能です．MacClade で sequence や tree の処理を行い，PAUP で解析を行う系統解析の手順が，スタンダードな解析方法の一つだと思います．
テストバージョンは こちらです (2015 年 ２ 月)．
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- おそらく 2005 年からだと思いますが，PAUP でもコマンドラインで操作する Portable version が出ました．Unix や Linux に対応しているようです．値段は Mac や Windows version に比べると $ 150 とやや高めです．
- これまで Mac version などを使いこなしている人にとっては，Portable version に慣れると便利なことがあります．一ヶ月ほど使ってみた感想としては，最尤法の解析を行う場合に，バッチファイルかあるいはデータファイルの下に PAUP Block としてすべての設定 (パラメーターや tree など) を書き込んでおけるのが良いと思いました．Unix バージョンを使いこなすためには FSU のサイトと PAUP のQuick Start Tutorial (まず最初にこれ．10 分ほどで終わる)，Command Ref. Doc.，FAQ，が役に立つと思います．私はこれらを眺めているうちに，なんとか Unix バージョンを少しは使うことが出来るようになりました．ちなみに私は使ったことはありませんが Windows version も同様な便利さがあるようです．
- Portable versionに慣れた方が良いもう一つの大きな理由が，それぞれ Paup と MrBayes の作者が block にあるコマンドを統一しようと試みている点です．実際に現在でもかなり同じコマンドが共有されています．
- もちろん Unix バージョンを使う最大の利点は，Supercomputer を利用できる点にあります．
- OS 9 バージョンとはちがって，目盛りを割り当てる必要がないそうです．このため，巨大なデータセットを扱う人には便利です．
- バッチファイルの作成法はこちらのサイトを参照して下さい．
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paup の unix version がインストールされている場合は，PaupPdistance_fol.tar.gz をダウンロード・解凍しフォルダに入り，
paup paupBatch.txt
と入力してください．
paupBatch.txt は以下の内容です．
#nexus
begin paup;
log file=PaupPdist.log;
execute PaupPdist.nex;
DSET DISTANCE = P;
SHOWDIST;
SAVEDIST FILE = Out_paupPdist.txt;
q;
END;
アウトプットは以下です．
E002 Dolphin E001 Human 0.06802721
E004 Megabat E001 Human 0.07900394
E004 Megabat E002 Dolphin 0.06131519
ログ最終行 にも以下が保存されます．
1 2 3
1 E001 Human -
2 E002 Dolphin 0.06803 -
3 E004 Megabat 0.07900 0.06132 -
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PAUP block としてパラメーター (rate matrix や gamma shape など) を推定する設定を行うことで，ワンタッチで計算がスタートします．ただし，どうも loadconstr (系統樹を tree ファイルから読み込む) と Lscores (パラメーターの最尤推定) の組み合わせは良くないようで，Lscores を行うときだけは，tree block を sequence file の下にあらかじめ書いておくと，作動しました．
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コントロールファイルの内容．
[inoue@phoenix 12tr_b40Noto_fol2]$ cat Parms_estimate [この行は不要です]
#nexus
begin paup;
log file=paup_log;
execute paup_12tr_40Noto.nex;
set crit=likelihood;
lscores 1/nst=6 rmatrix=est basefreq=estimate rates=gamma ncat=8 pinvar=estimate;
end;
＊「paup_12tr_40Noto.nex」というファイルに sequence と tree が入っています．「lscores 1/．．」により一番上に書いてある tree を constraint として用いています．
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sequence file の下に付ける tree block
BEGIN TREES;
TRANSLATE
1 ScyScyCan,
2 CoeLaChTa,
3 CoeLatMen,
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
38 NotChiLop,
39 NotChiBla,
40 NotChiOrn
;
TREE Bayes = [&U] (1,((2,3),((4,(5,6)),((．．．．．,(38,(39,40))))))))))))));
END;
＊[&U] でも [&R] でもどちらでも作動するようです．
＊系統樹は OTU を番号に変換しない形式でも作動すると思います．
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| Nexus 形式からデータパーティションを書き出す |
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MrBayes などでパーティションを設定した Nexus file から，各パーティションを別の .phylip 形式などに書き換えることがワンタッチでできます．以下の PAUP block を Sequence block の下にを設定し，PAUP を execute するだけです．「PHYLIP」を「NEXUS」に変更すれば，nexus 形式でも出力できます．
BEGIN PAUP;
charset 1st_pos = 1-3716;
charset 2nd_pos = 3717-7432;
charset tRNA = 7433-8865;
charset rRNA = 8866-11681;
Include 1st_pos/only;
Export Format=PHYLIP FILE=testseq.1st;
Include 2nd_pos/only;
Export Format=PHYLIP FILE=testseq.2nd;
Include tRNA/only;
Export Format=PHYLIP FILE=testseq.T;
Include rRNA/only;
Export Format=PHYLIP FILE=testseq.R;
END;
タンパク質転写遺伝子の塩基配列をコドン別に分けます．
BEGIN PAUP;
CHARSET 1st_codon = 1-10974\3;
CHARSET 2nd_codon = 2-10974\3;
CHARSET 3rd_codon = 3-10974\3;
Include 1st_codon/only;
Export Format=PHYLIP FILE=testseq.1st;
Include 2nd_codon/only;
Export Format=PHYLIP FILE=testseq.2nd;
Include 3rd_codon/only;
Export Format=PHYLIP FILE=testseq.3rd;
END;
3rd codon だけを外したい場合は，Exclude で 3rd_codon を指定します．
BEGIN PAUP;
CHARSET 1st_codon = 1-10974\3;
CHARSET 2nd_codon = 2-10974\3;
CHARSET 3rd_codon = 3-10974\3;
Exclude 3rd_codon/only;
Export Format=PHYLIP FILE=12GenesEx3rd.phylip;
END;
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