PRANK は塩基配列やアミノ酸配列をアライメントするプログラムです．こちらにも説明があります．基本的にコマンドラインの解析ですが，グラフィカルなソフトも配布されています．web version もあります．

マニュアル

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必要最低限のコマンド
以下のコマンドを入力してください．

prank infile

infile : マニュアルには何も書いてありませんが，fasta 形式で読み込みました．

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オプションを用いたコマンド - アミノ酸配列の解析

prank -o=outfile -fixedbranches=0.1 -t=Mam28.tre -nopost -d=infile.fas

infile.fas:

ファスタ形式のインファイル．

outfile:

アウトファイル．

Mam28.tre:

newick 形式の tree file．数字を一行目に書きません．アライメントされた配列は，系統樹の順番に種が並べられています．

-fixedbranches:

樹長が極端に短い場合は，default で解析すると「Branch length <0.0001. Set to 0.0001.」というエラーメッセージがでます．この場合に，-fixedbranches をつけた方が良いということです．Loytynoja さんは 0.1 を使っていました．-fixedbranches = 0.1 としたら，mafft と同じような結果が得られました．これを付けないときは，mafft とずいぶん異なるアライメント結果が得られていました．

-nopost:

posterior support を計算しないらしいです．よくわかりませんが，Loytynoja さんはこれを付けて解析していました．解析時間は 90s であったものが 60s になったので，かなり速くなったようです．

AA.tar.gz．

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オプションを用いたコマンド - cDNA 配列の解析

prank -o=outNoto5 -fixedbranches=0.1 -t=Noto5spp.tre -nopost -d=Noto5spp.fas -translate

-Noto5spp.fas

ファスタ形式の cDNA ファイル．おそらく 1st codon position から始まるようにそろえる必要があると思います．

-translate

タンパク質コーディング領域の DNA 配列は，アミノ酸配列に翻訳してアライメントが行われます．アミノ酸と DNA 配列両方のアライメント配列が得られます．

ミトコンドリアゲノムにコードされている遺伝子配列でも解析は可能です (実際に下の例題は ND5 遺伝子配列です)．しかし，アウトプットとして得られるアミノ酸配列の翻訳がおかしいので，cDNA アライメントファイルを改めて翻訳し直す必要があります．

cDNAprank_fol.tar.gz

• Registration のメールアドレスは，Ari Loytynoja さんのものです．質問をしたところ，すぐに丁寧なお返事をいただきました．
  
  
• デフォルトで 33 OTU, 250 残基のアミノ酸配列をアライメントしたところ，5 分ほどかかりました．大量のデータを処理する場合は，オプションを用いてスピードアップをはかる必要がありそうです．guide tree があると，確かに解析がかなり速くなりました．3 倍以上でしょうか．
  
  
• outputs file に出力される OTU の番号は，guide tree の順番になります．infile と同じように出力することはできないそうです．Perl script を書けば簡単にできるでしょう，という返答をいただきました．私の作成したスクリプトが参考になるかもしれません．こちらです．
  
  
• 解析の速度は塩基配列が最も速く，次いでタンパク質，コドンの順番だそうです．A をサイズとすると (DNA は 4，アミノ酸は 20)，A^2 だけ時間がかかるそうです．