Pfam

2026 年 5 月 20 日　改訂

Pfam は、多くの一般的なタンパク質ドメインをカバーする多重配列アラインメントと隠れマルコフモデル（HMM）の大規模なコレクションです。具体的には、タンパク質配列をドメイン単位で分類・注釈するためのデータベースで、各ファミリーは curated なシードアラインメントをもとに HMMER3 で構築されたプロファイル HMM として表現されています。Pfam は HMMER3 パッケージを用いており、これは Sean Eddy のグループ（HHMI/Harvard）が開発したものです。 EMBL-EBI Readthedocs

Pfam の独立ウェブサイトは廃止 (2022 年)され (link)、Pfam データは現在 InterPro ウェブサイトを通じて提供されています。

 
PfamScan

PfamScan は「自分の配列を Pfam HMM に対してスキャンして、どのドメインが含まれるかを調べる」ツールです。2つの形態があります。

① ウェブサービス版 EMBL-EBI の Job Dispatcher 上で現在も提供されています（https://www.ebi.ac.uk/jdispatcher/pfa/pfamscan）。配列を貼り付けて Pfam に対して検索できます。

② ローカル実行版（pfam_scan.pl） FTP サイトの Tools ディレクトリに pfam_scan.pl のコードが置かれており、README にインストール・実行方法が記載されています。モジュール設計になっており、他の Perl スクリプトへの組み込みも容易です。HMMER3 と Pfam の HMM ファイルをローカルに用意して使うスタンドアロンツールです。 Readthedocs

実際の使い分け

目的 推奨ツール
少数配列の Pfam 検索（ウェブ） PfamScan (EBI) または InterProScan
大量配列のバッチ処理（ローカル） pfam_scan.pl またはローカル InterProScan
Pfam データの閲覧・検索 InterPro ウェブサイト

なお、InterProScan を使っても Pfam の結果は得られます（Pfam はメンバーデータベースの一つなので）。大量配列を扱う研究用途では InterProScan のほうが汎用性が高く、Pfam 以外のデータベース結果も同時に取得できるため、こちらを好む人も多いです。