RERconverge

2020 年 6 月 12 日　改訂

RERconverge は，系統樹に沿って、遺伝子間の進化速度と、binary か連続形質の進化の、相関関係を推定する R パッケージです。

Kowalczyk A, Meyer WK, Partha R, Mao W, Clark NL, Chikina M. 2019.
RERconverge: an R package for associating evolutionary rates with convergent traits. Bioinformatics 35:4815-4817
インストール

こちらにインストール方法が書いてあります。

 

使い方

RERconverge Analysis Walkthrough に説明があります。Package 'RERconverge' にも操作方法があります。
RERconverge を利用した論文

Kowalczyk A, Partha R, Clark NL, Chikina M. 2020.
Pan-mammalian analysis of molecular constraints underlying extended lifespan. Elife 9.

タンパク質遺伝子の進化速度と、連続形質、の関連を判定する方法を開発。哺乳類内部で、種ごとの寿命に注目。それぞれの遺伝子系統樹は、アミノ酸配列に基づいて PAML で推定 (P10)。

Partha R, Kowalczyk A, Clark NL, Chikina M. 2019.
Robust Method for Detecting Convergent Shifts in Evolutionary Rates. Molecular Biology and Evolution 36:1817-1830.

Rubin BER, Jones BM, Hunt BG, Kocher SD. 2019.
Rate variation in the evolution of non-coding DNA associated with social evolution in bees. Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences 374:20180247.

Sackton TB, Grayson P, Cloutier A, Hu Z, Liu JS, Wheeler NE, Gardner PP, Clarke JA, Baker AJ, Clamp M, et al. 2019.
Convergent regulatory evolution and loss of flight in paleognathous birds. Science 364:74–78.