Tracer は BEAST など Bayes 解析から得られたアウトプットファイルを解析するソフトウェアです．MrBayes なら .p ファイル，mcmctree であれば mcmc.out を解析することができます．

例えば MrBayes の場合，Generation が多いともはや Excel は .p ファイルに対応しきれませんが，Tracer を使うと簡単に尤度の安定 (Convergence と言うみたいです) を見ることができます．

使い方は簡単で，マニュアルを見なくてもいろいろいじっていれば，なんとかなると思います．