TreeStat は newick format の系統樹に対して，様々な統計的な解析を行うソフトウェアです．インファイルとなる系統樹は，phylip や nexus 形式です．Mac と Win 対応です．Java version もありますが，コマンドラインで操作する version は配布されていないようです．

• Mac version も Java version であっても，v1.2 は私の Mac (OS 10.5.8) では，うまくインファイルを開くことができませんでした．v1.1 は動きました．下の例題を参照してください [2009 年 11 月]．
  
  

TreeStat (Mac version) をダブルクリックします．

Root-TIp Lengths を選び中央の赤い右矢印を押して，Static Name にリストアップします．

右下にある「Process Tree File...」をクリックして，樹長付きの newick 形式 tree file を選びます．例題では，RAxML.tre です．RAxML の最尤樹をそのまま使うことができます．

ログファイル名 (実際にはアウトファイル) を聞かれるので，答えます．例題では「Out_RAxML」としました．

OUt_RAxML をエクセルなどで開くと，それぞれの種ごとに根幹から末端までの樹長が記載されています．なお，この lineage ごとの樹長は，一般に height と呼ばれているようです．branch length などで web 検索しても，うまくヒットしないので注意してください．

例題