Treefinder

2009 年 12 月 17 日　改訂
井上 潤
Teefinder は最尤法による解析を高速に行うソフトウェアです．系統樹探索にも様々な機能が装備されています．
ダウンロード
  • Intel Mac の場合は，ダウンロードのページから tf-october2008-mac.zip をダウンロードします．解凍すると Treefinder というフォルダが作成されます．tf-october2008-mac-intel-binary.zip をダウンロードして，作成された tf.bin を Treefinder 内部のものと交換します．

  • あとはこちらに従ってインストールを行いました．
Consensus tree
コマンドラインから conseunsus tree を得る方法です．

consense.tl に以下の内容を書いて保存します

boottreelist:=LoadTreeList[
"inputtrees.nwk"
],
SaveTree[
BuildConsensusTree[
boottreelist,
WithEdgeLengthIntervals->False,
WithEdgeLengths->False,
WithEdgeSupport->True,
ConsensusLevel->80
],
"outputtree.nwk",
Format->"NEWICK"
]

inputtrees.nwk には対象とする Newick 形式の trees を入れておきます．例えば 100 回反復のブートストラップを行った場合は，100 本の tree を入れておきます．あとは

tf consense.tl

とコマンドを実行するだけです．
ここでは 80% 以上で保存された枝だけを残して，それ以下の分岐は多分岐にするよう指定しています．50% 未満をしきい値にすることはできません．50% 未満の枝も残したい場合は，同様の操作を Phylip の Consense でもできるそうです．しかし，Consense では 21 文字以上の OTU 名は削られてしまうため，Treefinder の方が使いやすいそうです．

例題です．

以上はこちらのサイトを作成している方に，教えていただきました．とても助かりました．ありがとうございます．