UCL computer

2009 年 7 月 15 日　改訂
井上 潤
UCL の Supercomputer に関する個人的なメモです．
すべての job を一気に中止する．

kill -KILL -1
基本操作バックグランド

プライオリティーの低いジョブ
nice +20 ./baseml > baseml_out &
nice +20 を使うと，プライオリティーの低いジョブになる．通常はこれを用いてジョブを行う．& によってバックグラウンドで解析を行う．

Bandits を使って複数のジョブを走らせる
/d/home2/jun/Bandits.pl
112 行にある
$curdir="/d/home2/jun/Bandits.pl";
の "" 内部にあるアドレスを書き換える．
codeml.c の 14 行にある
#define NSSITESBandits
あたりも書き換える必要があるらしいが，これ以上はまだ教わっていない．
MPI setting

1）lamhosts というファイルに CPU の数を書き込むために，

echo "localhost cpu=2" > lamhosts

と入力してリターンキーを押す．Dual の場合は２，クアドの場合は４になる．複数のマシンを使う場合は lamhosts というファイルを以下のように書き換えればよい.

$ cat lamhosts
mac01 cpu=4
mac02 cpu=4
mac03 cpu=4


2）LAM/MPI を起動するために

lamboot lamhosts

と入力してリターンキーを押す．こうすると CPU 間でのコミュニケーション可能な環境が構築される．


3）並列版 MrBayes を起動するには

mpirun -np N ./mb

N には CPU の数を入れる．Dual Core の場合は２を入れて

mpirun -np 2 ./mb


4) lam type を終了するには

wipe lamhosts

とターミナルに入力する．


参考になるサイト

http://mrbayes.csit.fsu.edu/wiki/index.php/FAQ
LEGION