BEDTools の getfasta を用いて，fasta file から配列を得られます．
例題は bedtools_getfasta.tar.gz です．BEDTools のインストールについては，こちらをご参照ください．
$ bedtools getfasta -fi test.fa -bed test.bed -fo test.out
$ cat test.fa
>chr1
AAAAAAAACCCCCCCCCCCCCGCTACTGGGGGGGGGGGGGGGGGG
$ cat test.bed
chr1 5 10
$ cat test.out
>chr1:5-10
AAACC
v2.17.0 では，-fo test.fa.out がないと，動きませんでした．
blastdbcmd と違い，getfasta は repeat 配列を小文字で出してくれます (以下)．この場合は，あらかじめ指定するデータベース (fast file) 内部で， repeat 配列が小文字で示されている必要があります (例えば，UCSC の .2bit ファイルなど)．
>chr1_26072XXX_26072X
gcttgctcacaagaagaaCAAGTTCTATTTCA
M.U. さんから教えてえいただきました．ありがとうございました (2019 年 8 月)．
なお，出力された fasta file をソートするには，以下のコラムを参照してください．
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