blat は，blast よりも高速な相同性検索ツールです．

こちらから，それぞれの PC にあったフォルダーをダウンロードしてください．もとのページはこちらの Downloading Blat source and documentation です．macIntel はコンパイル不要でした．例題はこちらです．

blat DB_Human.fast Query -prot output.psl

DB_Human.fast:
データベースです．fasta フォーマットです．
Query:
クエリ配列です．これも fasta フォーマットです．
-prot:
データベースとクエリはアミノ酸配列なので，-prot をつけます．
output.psl:
アウトファイルです．

web version

web version は検索する対象が限られてしまうようです．

UCSC Genome Bioinformatics

User Guide