いろいろ試した結果，私は以下に従ってインストールを行いました．
CircosAPI | Installing Circos on OS X (2013 年作成?)
上記のインストラクションは，以下 4 ステップからなります．
1. Xcode のインストールと Command Line Tool のダウンロード
2. Homebrew を用いた各種モジュールのインストール
3. GD のマニュアルインストール
4. circos のダウンロード
ここでは，問題のある箇所だけを説明しています．他は上記サイトに従ってインストールを行ってください．ください．
1. Xcode のインストール
上記サイトに従ってください．
2. Homebrew を用いた各種モジュールのインストール
homebrew をインストールします．
その後各種モジュールを Homebrew を使ってインストールします. 使い方は「Homebrew の導入と使い方」を参照しました．
Homebrew は親切なので，エラーメッセージをよく読んで，表示されている対応案を試してみると良いです．例えば，インストールの後に「brew doctor」をやるように指示が出ます．
Warning: Some directories in /usr/local/share/man aren't writable.
This can happen if you "sudo make install" software that isn't managed
by Homebrew. If a brew tries to add locale information to one of these
directories, then the install will fail during the link step.
You should probably `chown` them:
/usr/local/share/man/mann
この場合は，オーナーを変更します
[inouejun:~]$ echo $USER
inouejun
[inouejun:~]$ sudo chown inouejun /usr/local/share/man/mann
もう一度 brew doctor で問題点を確認します．
[JunINOUE:~]$ brew doctor
Warning: Unbrewed dylibs were found in /usr/local/lib.
If you didn't put them there on purpose they could cause problems when building Homebrew formulae, and may need to be deleted.
Unexpected dylibs:
/usr/local/lib/libfreetype.6.dylib
/usr/local/lib/libjpeg.8.dylib
/usr/local/lib/libpng16.16.dylib
この場合は，libfreetype.6.dylib など 3 ファイルを，sudo rm で削除します．
[JunINOUE:~]$ brew doctor
Warning: Broken symlinks were found. Remove them with `brew prune`:
/usr/local/lib/pkgconfig/libpng.pc
/usr/local/lib/libpng16.dylib
/usr/local/lib/libpng.la
/usr/local/lib/libpng.dylib
/usr/local/lib/libpng.a
/usr/local/lib/libjpeg.dylib
/usr/local/lib/libfreetype.dylib
この場合は，brew prune を入力します．
[JunINOUE:~]$ brew prune
Pruned 0 dead formula
Pruned 7 symbolic links and 1 directories from /usr/local
[JunINOUE:~]$ brew doctor
Your system is ready to brew.
パーミッションの変更
chmod を使ってパーミッションを変更します．
chmod については，こちらなどを参考にしてください．
[JunINOUE:~]$ brew link freetype
Linking /usr/local/Cellar/freetype/2.5.2... Warning: Could not link freetype. Unlinking...
Error: Could not symlink file: /usr/local/Cellar/freetype/2.5.2/include/freetype2/ttunpat.h
/usr/local/include/freetype2 is not writable. You should change its permissions.
[JunINOUE:~]$ sudo chmod -R a+w /usr/local/include/freetype2
[JunINOUE:~]$ brew link freetype
Linking /usr/local/Cellar/freetype/2.5.2... 53 symlinks created
Homebrew をつかって freetype などをインストールします．エラーがたくさん出るので，一つ一つ対応する必要があります．以下のように，エラーが出なくなるまで，指示に従ってエラー対策をやってください．
freetype や Perl modules (CPAN を使う) のインストールは割と時間がかかりました．
[JunINOUE:~]$ brew install freetype
Warning: freetype-2.5.2 already installed
[JunINOUE:~]$ brew install gd --with-freetype
Warning: gd-2.1.0 already installed
free type のインストール
[JunINOUE:~]$ brew install freetype
==> Installing freetype dependency: libpng
==> Downloading https://downloads.sf.net/project/machomebrew/Bottles/libpng-1.5.17.moun
Already downloaded: /Library/Caches/Homebrew/libpng-1.5.17.mountain_lion.bottle.1.tar.gz
==> Pouring libpng-1.5.17.mountain_lion.bottle.1.tar.gz
Warning: Could not link libpng. Unlinking...
Error: The `brew link` step did not complete successfully
The formula built, but is not symlinked into /usr/local
You can try again using `brew link libpng'
Possible conflicting files are:
/usr/local/bin/libpng-config -> /usr/local/bin/libpng16-config
/usr/local/include/pnglibconf.h ->
.....
この場合は，brew link libpng しても，以下のように conflicting file を消すように言われるだけです．
[JunINOUE:~]$ brew link libpng
Linking /usr/local/Cellar/libpng/1.5.17... Warning: Could not link libpng. Unlinking...
Error: Could not symlink file: /usr/local/Cellar/libpng/1.5.17/bin/libpng-config
Target /usr/local/bin/libpng-config already exists. You may need to delete it.
このため，「brew install freetype」で表示された conflicting file をスクリプト (sudo rm FILENAME を羅列) を書いて除去します．問題がクリアされたら，以下のような表示がでます．
[JunINOUE:~]$ brew install gd --with-freetype
Warning: gd-2.1.0 already installed
3.GD のマニュアルインストール:
found gd.h header file in /usr/local/includegd.h
症状:GD-2.50 をダウンロードして「perl Makefile.PL」と入力したところ，以下のようなメッセージを得ました．
** WARNING: found gd.h header file in /usr/local/includegd.h, but it is expected at /usr/local/Cellar/gd/2.1.0/include/gd.h. This may cause compile errors! **
** Possible problems found **
こちらを参考に，libgd を一度アンインストールして， freetype とlibtiff 付きでもう一度インストールしました．
brew uninstall libgd
brew install libgd --with-freetype --with-libtiff --with-libvpx
brew info libgd
しかし，GD-2.50 「perl Makefile.PL」をやっても，gd.h header file のエラーメッセージが出ました．先ほどのサイトにあるように，以下の手順を行うと，Circos のインストールを完了することができました．
sudo cpan App::pmuninstall
sudo pm-uninstall GD
# アンインストールできない，と出ましたが，無視しました．
cpanm -f GD
# cpanm をインストールする必要があります．こちらに従ってください．
＊Yosemite や Marvericks は以下に従って一気にインストールした方が楽かもしれません．
http://wangqinhu.com/install-gd-on-mavericks/
4. Circos のダウンロード
こちらから circos-0.67-7.tgz (2015 年 9 月の最新版) をダウンロードしてください．circos は perl script なのでコンパイル不要です．私は bin/circos ファイルの最初の行を以下のように変更してしまいました．
[inouejun:bin]$ which perl
/usr/bin/perl
[inouejun:bin]$ vi circos
#!/usr/bin/perl
=pod
=head1 NAME
....
|
