既にアライメントを行ってあるファイルに，アライメントを変更せずに新たな配列を加えたいことがあると思います．このような要望に ClustalW は答えることができます．以下のファイルをダウンロードし，sh command.txt と入力してください．
clustalw2ji.tar.gz

clustalw2 -sequences -profile1=aligned_5Seqs.nbrf -profile2=nonAligned_additional6Seqs.fas -outfile=outfile.nbrf -outorder=input -type=DNA -output=PIR

-profile1=aligned_5Seqs.nbrf：アライメント済みの配列
-profile2=nonAligned_additional6Seqs.fas：新たに加える配列．
-output=PIR：アウトファイルの形式．NBRF (PIR) や FASTA (FASTA) 形式．
インファイルは NBRF や FASTA を自動的に読みます．

下の図は，Mesquite でアライメントの過程を，わかりやすく表示しています．上段がアライメント済みの配列，中段が新たに加える配列，下段が両者を合わせた結果を示しています．