evolver は paml パッケージに含まれるアプリケーションで，シミュレーションによって塩基やアミノ酸配列を作成するプログラムです．

遺伝子ごとに解析する

オプション 8 です．トポロジー間で一致したノードの割合を示します．複数の tree がを含んだ tree file のフォーマットは例題を参照して下さい．

• 配列データとコントロールファイルは必要ありません．
• OTU 名は番号にする必要があります．
• おそらく，全ての tree は同じ OTU を外群として，rooted tree (根幹は 2 分岐) にしておく必要があります．
• 樹長付きの系統樹でも比較できます．

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例題 1
evolver を起動します．

evolver

(8) Calculate identical bi-partitions between trees? を選びます．

8

tree file を選びます．

6sp.tre

1: first vs. rest? を選びます．

1

(0) Quit? を選びます．

0

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複数のファイルを一気に解析する

少し複雑ですが，perl による処理を作成しました．README をご覧下さい．
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複数の tree file に対して，上の操作を一気に行うプログラム (treecompare) を使います．
README をご覧下さい．
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lab mate の Will Fletcher さんに改良をお願いしました．
Will さん，ありがとうございます．