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| MEGA は，配列のエディット，アライメント，系統関係や時間軸付き系統樹の推定，などを行うソフトウェアです．GUI バージョンと CUI バージョン (megacc) があります。 |
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DNA ファスタファイルを読んで、翻訳、アライメント、異なるアミノ酸サイトのカウントを行います。ここでは、Mac, MEGA 12 (64-bit) ALPHA を使いました。mac でインフォマティクスを参照しました。 fasta ファイルの読み込み なお Mac では、拡張子が .fasta のファイル (上記 test.fasta など) をエディタで開こうとすると、下右のようなメッセージが出てしまいます。vim では問題なく開けました。 |
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アライメント Alignment > Align by ClustalW などを選びます。 |
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| 翻訳 Translated Protein Sequences を選びます。遺伝暗号は、Data メニューから Genetic Code を選択し、「Vertebrate mitochondrial」などを選択します。このとき、コマンド + A で配列を全て選択しておく必要があります。 |
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アライメントの編集 |
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| 私の理解では、DNA やアミノ酸を異なるものに変えたり、種名を変更する場合は、一度、fasta 形式に変換して (test_AA.fas) 行う必要があるようです。 | |||
| 異なるサイトのカウント "Molecular Evolutionary Genetics Analysis" パネル > DISTANCE > Compute PairwiseDIstances... を選びます。 |
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異なるサイトを数えるだけのオプション, No. of differences を選びます。 |
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| ルートを変更する | |||
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2025 年 5 月
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ここでは，Mac のコマンドライン (CC) バージョンを説明します．スライドによる説明も参考にしてください．Documentation はこちらです． Mac の mega-cc v11 では、cluster アライメントは動きましたが、muscle アライメントは動きませんでした。 megacc (CUI) バージョンは、.mao ファイルをあらかじめ GUI などで作成して解析に用います。 |
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次に、作成した .mao ファイルを使って、megacc を動かします。
muscle アライメントはエラーが出ました (2023 年 8 月)。
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010infer_NJ_protein.mao
010aaseq.fas
020_out
020_out.nwk
まだ充分に確かめたわけではありませんが，NJ 解析ではアウトグループを設定できないようです．おそらく，解析を行った後で，rooting を改めてやることになると思います．また，アミノ酸解析の経験的モデルは， JTT しか対応していません． |
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| Mega 7 を使って説明します．mega_reltime_example.tar.gz をダウンロードしてください．Mega 11 でもこの例題を解くことができました。MEGA7 より Mac で操作しやすくなっていました (2021 年 10 月)。
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=> Data > Open A File/Session から，Vertebrate6.fas を選んでください．fasta 形式だと，アライメントファイルの読み込みがスムーズです．Phylip 形式だと，面倒です．その後，以下のように選んでください． "How would you like to open this fasta file" |
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=> Clocks > Compute Timetree (ML) |
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| Step 1: Load Seqence Data すでに選んだので，何もやらなくて良いです． |
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Step 2: Load Tree File |
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| Step 3: Specify Outgroup Select Branch... => |
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| Please confirm: .... => Yes |
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| Step 4: Specify Calibrations Add Constraints... |
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| 上記の制約を，以下の画面を参考に入力してください． | |||
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| 上記の制約は Calibrations Export ファイルに入っています． File > Import Calibration Data からこのファイルを選ぶことができます． |
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| Setp5: Choose Analysis Settings Set Options... |
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| 最後に，Execute を押して，解析を走らせます． | |||
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| 以下のような結果が得られるはずです． | |||
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こちら「RelTime による分岐時間推定」を参照しました． |
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| 推定された時間軸付き系統樹や時間制約、解析設定の要約などを保存できます。以下の画面は MEGA11 です。 | |||
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| なお、各分岐に推定された年代は、私の場合、Newick format を FigTree で開き、Node Labels > Display: Node ages で得ています (2021 年 10 月)。 | |||
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Confidence Interval MEGA では、estimated error bar が confidence interval に相当するようです (Mello et all 2018, P2339右下)。 RelTime-ML 解析を行った後で、Divergece Times のチェックボックスを入れて、Show Node Height error Bars (2SE) をチェックすると、画面にエラーバーが保存されます (下図)。 CI の推定値は、File > Export Timetree (Tabular) を選ぶと、.xlsx ファイルとして保存されます。このファイルがどこに出力されるのかよくわからないですが、Excel で自動的に開かれるので、任意の場所に保存できます (2022 年 1 月)。 |
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こちらのビデオが参考になります．
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Mello B, Tao Q, Tamura K, & Kumar S (2017)
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