トランスクリプトームデータ解析シリーズ

 
2020 年 11 月 5 日 改訂

トランスクリプトームのアッセンブルを行う手順を説明しています。できるだけ、1 遺伝子座から 1 配列だけを代表させるような解析です。

1. SRA データのダウンロード
2. fastq データの検証: fastqc
3.アダプター配列の除去: Trimmomatic
4. アッセンブル: Trinity
5. 転写配列の推定: TransDecoder
6. 類似配列の除去:CD-HIT
7. オーソログ推定: ORTHOSCOPE

このページは多くの研究者から教えていただいた情報をもとに作成しています.ご協力に感謝します.