トランスクリプトーム解析専用のアセンブラ Trinity のインストール方法を紹介します．使い方はこちらに書きました．

Trinity: Installing Trinity に従います．Github から最新のファイルをダウンロード & 解凍してください (Trinity-v2.8.4 Patch Release をダウンロードしました)．その後ディレクトリに入って，

make
make plugins

と入力するだけです．OIST のスパコンでも，sudo なしでインストールできました．数分で終わります．おそらく、cmake のインストールも必要です (以下)。

インストールをやり直す場合は，make clean をまず行ってください．

2020 10 月にインストールを試したました。すると、2.11.0 は make できませんできませんでしたが、v2.8.4 は make できました.

cmake: Trinity をインストールのため，make を行ったところ，cmake のバージョンが古い，という以下のメッセージが得られました．

[cluster:trinityrnaseq-Trinity-v2.8.4]$ make
Using gnu compiler for Inchworm and Chrysalis
cd Inchworm && make
make[1]: Entering directory `/work/SatohU/0inoue/software/trinityrnaseq-Trinity-v2.8.4/Inchworm'
mkdir -p build
cd build && cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX="" ../ && make DESTDIR=../ install
CMake Error at CMakeLists.txt:1 (cmake_minimum_required):
CMake 3.1 or higher is required. You are running version 2.8.11

そこで，こちらのサイトに従って，cmake をインストールしました．数分で終わりますが，Trinity のインストールより若干時間がかかります．

0) まず，解析ディレクトリに build ディレクトリを作成しました．

[cluster:build]$ pwd
/work/SatohU/0inoue/build

1) CMake のサイトから，Latest Release (3.12.3) である Unix/Linux Source (has \n line feeds) cmake-3.12.3.tar.gz をダウンロードしました．このとき，cmake-3.13.0-rc2.tar.gz　のように rc が名前に入っているファイルは選ばないでください．これは release notes であり，開発に携わる人が使うバージョンのようです．

[cluster:build]$ wget https://cmake.org/files/v3.12/cmake-3.12.3.tar.gz
[cluster:build]$ tar zxvf cmake-3.12.3.tar.gz
[cluster:build]$ cd cmake-3.12.3/

2) software というディレクトリを作成し，ここに cmake が入るように，インストールを行いました．--no-system-libs　オプションは外しました．softowares/cmake-x.xx.x ディレクトリは、以下の操作、make install 後に、自動的に作成されます (bin, doc, share という各ディレクトリも)。

./bootstrap --prefix=/work/SatohU/0inoue/software/cmake-3.12.3

3) make
4) make install
5) ~/.bashrc に以下の行を記述し，source ~/.bashrce で読み込ませる．

export PATH=/work/SatohU/0inoue/software/cmake-3.12.3/bin:$PATH

＊module avail で cmake が出る環境では，以下のコマンド (module load clustalw2.gcc/2.0.12) を行えば，cmake の新しいバージョンがロードされます．ただし，slurm などのスケジューラーを使う時は，job fileにある trinity 解析行の前に、この行を記述する必要があります．

[cluster:software]$ module avil
...
cmake/3.11.4 ngsDist/1.0.2
cmake/3.2.1 ngsF-HMM/0.0.1b
...
[cluster:software]$ module load clustalw2.gcc/2.0.12

bowtie2: こちらを参考にしました．

jellyfish: マニュアルに従ってください．スパコンで sudo コマンドが使えないので，インストールするディレクトリだけ，configure 実行時に指定しました．

./configure --prefix=/work/SatohU/0inoue/software/jellyfish-1.1.12

make

make install

salmon: Trinity のオフィシャルページでは，Salmon's documentation のページが紹介されていますが，cmake の設定などよくわからなかったです．このため，オフィシャルページからコンパイル済みのものをダウンロードしました．

　オフィシャルページの code から GitHub に入ります．XX release タブを押して，salmon-0.11.3-linux_x86_64.tar.gz をダウンロードしました．コンパイル済みのプログラムは，bin/salmon に入っています．インストールはこれで終了です．

sometools: 基本的には以下のコマンドです。

./configure --prefix=/bucket/XxxxU/inoue/softwares/samtools-1.11

make

make install