FigTree

2018 年 5 月 9 日　改訂
井上 潤

FigTree は newick 形式で作成された系統樹を graphical に表示するプログラムです．Tree の分岐が増えるようにアレンジしたり，年代推定値の 95% 信頼区間を枝ごとに棒グラフで表すことができます．PDF ファイルとして保存してイラストレーターなどで加工することができます (EPS ファイル保存だと，文字がビットマップ [点の集まりとして] で保存されてしまいます)．

TreeView もついに Mac の OS である Lion から使えなくなりました．最近は FigTree を使い始めましたが，画面に newick format をコピー&ペーストして tree を描かせたり，MCMCTREE の年代制約を見ることができるので，重宝しています [2012 年 11 月]．


Java version
Jave executable version (.tgz ファイル) をダウンロードして使う場合は，lib/figree.jar を右クリック>開くで起動してください．
　Mac の 10.9.2 で Mac OSX executable version (.dmg ファイル) をダウンロード&解凍して FigTreev1.4.0app を起動しようとしたのですが，うまく動きませんでした．上の方法で Java version を起動すると，うまく動きました．
　この情報は OIST 勉強会で教えていただきました．ありがとうございます (2014 年 5 月)．