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| 論文リスト |
| スクリプト集 |
eDNA scripts, |
解析プログラム |
USEARCH, Claident, Qiime2, BLAST+, mothur, |
| R |
・pheatmap, dplyr,
・多変量解析: 統計的な説明, 作図,
・R による群集組成の解析：多様性指数、間接傾度分析, 直接傾度分析, 類別と指標種。
・生態学・環境科学のためのデータ分析・超入門。
・rfishbase, |
| 解析パイプライン |
PMifish, MitoFish, |
| 低品質配列の除去 |
DADA2, UCHIME3, |
| 種判定 |
phyloBARCODER, BLAST+, mothur, Claident, |
| データベース |
BOLD, MZGdb, JBIF,SILVA, Ocean Atlas, Tara Oceans, ASV registry, |
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| Python |
Python, pandas, Flask,
インストールから学ぶ：DNA研究、海洋研究、 |
| サーバー |
JavaScript, とほほのWWW入門、Nginx, Apache, CGI, Server World, |
| 互換レイヤー (Win) |
WSL2, Cygwin, コマンドプロンプト, WinSCP(JP, EN), |
| その他 |
Perl, R, EnsemblAPI(1,2), BioPerl, UnixTips, LinuxTips, Linux Install, シェルスクリプト, 解凍・圧縮, Emacs, C, C++, SSH(Mac), Maple, 解析パイプライン, Cyberduck,DendroPy, Docker, eDNA, Cufflinks, GitHub, Programme.pl, AI coding, |
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| Mac |
BBEdit, mi と正規表現, TextWrangler, CPP Edit, textmate, ATOM, VSCode, Brackets, CotEditor, Brackets, |
| Win |
TeraPad, Sakura, 秀丸, xyzzy, Brackets, |
| Linux |
TeraPad, mule, |
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| オンラインストレージ |
Googleドライブ、Zenodo, |
| 種の系統樹 |
Discover Life > Tree of Life, The Fish Tree of Life, |
| 海洋研究 |
Ocean Data View, Python, Natural Earth, CCHDO, |
| 地図作成 |
Google, folium, Generic Mapping Tools(GMT), |
| 分布 |
CORALS of the world, |
| 分類 |
NCBI, Known tree 構築, UniProt, FishBase, UODAS, Catalog of Fishes, ARB, PAST,Papers, SENTE, MENDELEY, Tree of Sex, TogoPictureGallary, DistanceCal, WoRMS, shark-references, SeaUrchin発現, WormBase, Xenbase, 門ごとの種数, 日本産有藻性サンゴ類WEB図鑑, taxonkit, SILK WORM GENOME, EDirect, |
| Nuc Genome |
Ensembl, Entrez_Nuc,UCSC, HOVERGEN, RefSeq, CCDS, KEGG, TogoGenome, FishOrthoDB, dbSNP, GTEx, Phytozome13, FernBase(シダ), PLAZA(裸子植物), REEFGENOMICS (サンゴ),
Annotation: BLAST2GO,
Structure: Intron,
Synteny: SyntenyDB, Genomicus, SynFind, Evolution highway,
Karyotype: GenomeSize,
Orthology: PhylomeDB, TreeFam, phylomarker, SPIMAP, gVolante,
GeneOntology: DAVID, HGNC, BioMart,
ORTHOSCOPE(web tool, 使い方),
dbCNS(web tool, 日本語の例題集),
Project: GOLD, NHGRI,
Species: EeelBase,
Other: DDBJ登録,
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| Mt Genome |
NCBI Organelle, MIDORI, |
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MitoFish, OGRe, MITOMAP, PDB, mtDB, mtSNP, MITOS, |
| DNA barcoding |
BOLD, JBIF, Tara Oceans, |
| 化石 |
Paleobiology Database, Fossil Calibration Database, |
| 古地図作成 |
ODSN, PALEOMAP, PLATES, GMAP, |
| 地質年代表 |
広大・地球資源論研, Geologic Time Scale, WP |
| 動物や船の画像 |
Animal Diversity Web, Tree of life, Ukiyoe, Chondrichthyes, bluprints.com, |
| その他 |
EndNote, TreeBASE, Tree of life, 系統論文リスト, SendaFile, Togo pics, TIMETREE,
ポスドク職検索, PDF作成, 海外旅行, 研究航海、Acrobat, DRYAD, Google Books, Ngram Viewer, ChatGPT, |
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| 総合サイト |
統合TV, Phylogeny Programs, EMBOSS, 分子系統学演習, 系統樹作成, Galaxy, |
| アライメントから系統樹推定まで |
MEGA, Jalview, Nextstrain, |
| オーソログ探索 |
aLeaves, HomoloGene, OrthoFinder, GeneSeqToFamily, TreeBeST, ORTHOSCOPE, |
| データマイニングなど |
BLAST+, Local Blast, BLAST, Primer-BLAST, blat, 遺伝子の切り出し,GGGenome, fasta, Hmmer, Diamond, fimo, homer, |
| アッセンブル |
Newbler, Velvet, EGassembler, CAP3, minimus, FastQC, NGS Surfer's Wiki, NOVOPlasty, IDBA-UD,
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| Gene prediction |
Augustus, GENESCAN, MitoAnnotator, GeSeq, BRAKER, |
| アライメント |
MAFFT,ProAlign, ClustalW,PRANK, MUSCLE,Translation Align, ESTScan,VISTA, Murasaki, phastCons, CNEr, geom_tile, Rによる可視化,
CDS alignment: PAL2NAL, TranslatorX,
Trimming: trimAl,Gblocks,
Genome: LASTZ, cactus,
R による可視化、 |
| 転写産物の構造 |
HMMTOP, SOSUI, アミノ酸の性質, RNA, |
| シーケンスエディター |
Mesquite, MacClade, Se-Al, BioEdit(Win), SeaView, |
| モデル・仮説の評価 |
Modeltest, MrModeltest, Kakusan, |
| 配列解析 |
PAML, codeml, HyPhy, SeqVis,treeSAAP, PartitionFinder, |
| MP, ML, NJ tree 探索 |
RAxML (オススメ), IQ-TREE,
PAUP, Tree-Puzzle, Phylip, phylip web, GARLI,PhyML, MOLPHY, Treefinder, TNT(形態), FastME, |
| 主成分分析(PCA) |
R script, |
| ベイズ tree 探索 |
MrBayes, AWTY, Tracer, TreeStat, |
| Coalescent theory |
MPEST, STRAW, |
| Phylogenomics |
ExaML, Comparative Genome Viewer, |
| 相対速度テスト |
LINTRE, Phyltest, RERconverge, PhyloAcc, |
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分岐年代推定 |
mcmctree, multidistribute,r8s, BEAST, BEAST2, IRDIVTIME,PhyloBayes, 制約の選び方, MEGA, |
| 系統樹の表示・比較 |
FigTree, TreeView, TreeStat, Dendroscope,
evolver, TREEDIST, XCED, BUCKy, TreeGraph2, CONCATERPILLAR, Archaeopteryx.js, ggtree, OneZoom, phylo.io, |
遺伝子系統樹内部の
重複・種分化判定 |
Notung, DLCpar, Clustering, |
| シンテニー解析 |
CIRCOS, SyMAP, i-ADHoRe, SYNMAP, BEDTools, SynVisio, |
| 祖先形質の推定 |
Mesquite, BayesTraits, SIMMAP |
| 集団遺伝学 |
Arlequin, PopART, OMICTOOLS, PSMC, Network, TCS, GenAlEx, |
| Supercomputer |
HGC, SGE, SLURM, UCL, AORI,基盤センタ, torque, 遺伝研、 |
| 解析パイプライン |
mtGenomePhylogenetics、ORTHOSCOPE*、 |
| 描画ソフト |
Adobe Illustrator, AFFINITY Designer, |
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英文作成, Oxford, アルク, weblio(英語，類義語), Logophile, BNEnglish, 微分, WordRef，ギリシャ文字, Nature, thesaurus, DeepL, |
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