UCSC Genome Browser

2019 年 10 月 7 日　改訂

UCSC Genome Browser のサイトは，米国カリフォルニアサンタクルーズ校が開発，維持しているゲノムブラウザ (遺伝子のゲノム上の位置やその周辺をにアノテーションされた要素を表示するツール) です．ゲノムレベルのアライメンも作成・提供しています．
UCSC ゲノム配列ファイルの展開

UCSC から配布されているゲノム配列のファイルは、.2bit 形式で圧縮されています。twoBitToFa というツールを使って展開します。こちらを参照してください (ありがとうございます)。

 
コーディネートのバージョン変換

Lift Genome Annotation (liftOver)．以下の例では，hg19_3.bed.tar.gz をアップロード&変換しています．
Biostars に，バージョン変更の方法がデータベースごとにまとめられています．
M.U. さんから教えてえいただきました．ありがとうございました (2019 年 8 月)．

GTF ファイルのダウンロード
Table Browser から行います．UCSC Table Browser を使い倒す 2011 の後半を参照しました．ありがとうございました (2019 年 8 月)．
UCSC_retrieveClosestGene.tar.gz を使えば(以下)，CNS のコーディネート (chr:start-end で表せれるゲノム上の位置) から，最も近いタンパク質遺伝子の情報を得ることができます(2019 年 9 月)．


GTF ファイルを Ensembl BioMart style に変換

上記の手順でえた UCSC の gtf ファイルを、Ensembl の BioMart で得られるファイルのスタイルに変換します。
change_UCSC2mart.tar.gz
(2020 年 6 月)
Bed file をもとに fasta file から配列を取得する: bedtools

こちらにある「fasta file から配列を取得する: bedtools」をご覧ください．

Bed file とは，例えば conserved noncoding region などのゲノム上の位置を「chromosome: start-end」 と示して保存したファイルです．

 
リンク集

UCSC Genome Browser を使って遺伝子を検索し，ゲノムブラウザ上にさまざまな情報を表示する (統合テレビ)

興味ある遺伝子を検索し，ゲノムブラウザ上でどのような情報が表示できるか，またその方法について．

UCSC Genome Browser の使い方〜表示+ENCODE 編 (統合テレビ)

データの表示方法．ENCODE project のデータの表示方法．

UCSC ゲノムブラウザ・チュートリアル

解説．

Conservation Track Settings

NCBI のサイト．アライメントを行った手順が書かれています．

UCSC Table Browser を使い倒す (統合テレビ)

UCSC Table Browser の使い方が紹介されています．Table Browser は，UCSC Genome Browser で閲覧可能なゲノムアノテーションから独自の基準でフィルターをかけ，欲しいデータだけに絞り込んで閲覧するサービスです (統合テレビより)．
例 1: 転写因子結合サイト (TFBS) を UCSC Genome Browser で閲覧．
例 2: RafSeq データを GTF ファイルで取得．

転写因子の予測結合領域を調べる

結合解析ウェブアプリケーションである Galaxy を使います．

hg38 の fasta と gtf/gff3

Table Browser から gtf ファイルをダウンロード。これを gffread を用いて、gff3 に変換。

clade: Mammal
genome: Human
assembry: Dec. 2013 (GRch38/hg38)
group: Gene and Gene Predictions
track: NCBI RefSeq
table: RefSeq All (ncbiRefSeq)
region: genome
output format: GTF - gene transfer format (limited)
output file: UCSC.hg38.gtf.gz
file type returned: gzip compressed

$ gffread -E UCSC.hg38.gtf -o- > UCSC.hg38.gff3

勉強になりました。ありがとうございました。