定義
マニュアルに詳しいです．発表論文における OrthoFinder 作者らによる定義は，以下です (Emms and Kelly, 2015, P1右中)．

an orthogroup is the set of genes that are descended from a single gene in the last common ancestor of all the species being considered.

[訳] オーソグループとは，解析に用いたすべての種の last common ancestor がもっていた，ある一つの遺伝子から派生した遺伝子の集合である．

オーソグループはオーソログを判定する唯一の方法

マニュアルにある詳しいオーソログの説明でも重要なのが，"Why Orthogroups: Orthogroups are the only way to identify orthologs" の部分です．オーソロジーは遺伝子系統樹によって推定するもので，配列類似性は予想にすぎない，と明記されています．しかし著者らは，遺伝子系統樹を用いたゲノムワードなオーソログ推定の方法は不可能　(Emms and Kelly 2018, P1下) と考えています．このため，オーソグループ (オーソログではない) の推定は all-by-all 配列類似性検索によって行います．オーソログ推定には，選定されたオーソグループのメンバーを用いて遺伝子系統樹を推定する方法が，オプションとしていついています．

以下は，マニュアルなどで推奨されているプログラムです．しかし，Orthofinder は，オプション機能を用いて，他の解析ソフトを利用することが可能です．

類似性検索 all-in-all

BLAST+ がデフォルトです．BLAST よりも速い Diamond も利用可能です．

MCL 解析

MCL. ダウンロードはこちらから．私は　mcl-latest.tar.gz (2014-05-17 00:20 2.9M ) を使いました．

系統樹推定

FastME．

種系統樹との比較

DLCpar．README.md によると，version 2.0 以降は使われていないようです．