以下でインストールできます。

install.packages("rfishbase")

時間がかかります。20 分ぐらいでしょうか。
Linux は問題が生じることが少なかったですが、Mac は何をやってもうまくインストールできないこともありました。R は最新のバージョンで試した方が良いです。
2025 年 3 月。

[inouejun:rfishbase_primaryFwater]$ Rscript 020_saltwater_rfishbase2.R
species_name: Lobianchia gemellarii
cleaned_name: Lobianchia gemellarii

.......

species_name: Anguilla japonica
cleaned_name: Anguilla japonica
Joining with `by = join_by(SpecCode)`
is_marine_result: TRUE

The results have been saved to 020_out.csv

rfishbase_primaryFwater.tar.gz
インファイルの種名リストは以下の点を注意してください。
・fishbase を調べるので、魚類だけにした方が良いです。
・学名をfishbase に登録のある validate name に変換して、生息域を調べます。
・時間がかかるので、種名リストは重複を無くした方が良いです (同封の 010_uniq.py で可能です)。例題の 8 種で 2, 3 分。
・Lepidotrigla kishinouyi/Lepidotrigla guentheri/Lepidotrigla alata などは、最初の種名を代表させて調べます。
・Epinephelus fuscoguttatus x Epinephelus polyphekadion は、そのまま調べます。
2025 年 3 月

copilot version

以下、模索しただけです。

#install.packages("remotes")
#remotes::install_github("ropensci/rfishbase")

library(rfishbase)
library(duckdb)
con <- dbConnect(duckdb::duckdb())
dbExecute(con, "INSTALL 'httpfs'")
dbExecute(con, "LOAD 'httpfs'")

#############
# 種名を指定
#species_name <- "Clupea harengus"
#species_name <- "Cyprinus carpio"
#species_name <- "Anguilla japonica"
#species_name <- "Gadus morhua"

# 種の情報を取得
species_info <- species(species_name)

# 生息環境を確認
habitat <- species_info$Fresh
if (habitat == "freshwater") {
cat(species_name, "は淡水魚です。\n")
} else if (habitat == "marine") {
cat(species_name, "は海水魚です。\n")
} else {
cat(species_name, "は淡水魚と海水魚の両方に生息します。\n")
}

# 科名を指定
family_name <- "Anguillidae"

# 科に属する種の情報を取得
species_list <- species(Family = family_name)

# 各種の生息環境を取得
habitats <- species_list %>%
rowwise() %>%
mutate(habitat = species(Species)$Fresh)

# 生息環境の集計
habitat_summary <- habitats %>%
group_by(habitat) %>%
summarise(count = n())

print(habitat_summary)

rfishbase_commonName.tar.gz

fishbase なので魚類だけです。20 種で 3 分ぐらいかかります。EDirect にも同じような機能がありますが、魚だけであれば、こっちの方が良いと思います。

2025 年 3 月